بئر يعقوب :
وتقع في أطراف المدينة ويعتقد أن هذه البئر حفرها النبي يعقوب عليه السلام عندما جاء إلى شكيم، ويبلغ عمقها 40 متراً، وعند هذه البئر التقى السيد المسيح بالمرأة السامرية، وكان قد غادر بيت المقدس إلى الجليل عن طريق السامرة. وحيث كان السيد المسيح متعباً،فقد جلس إلى جانب البئر، وعندئذ جاءت إمرأة سامرية لتستقي فطلب منها أن تعطيه ماء ليشرب، فردت عليه كيف تطلب مني ماء لتشرب وأنت يهودي وأنا سامرية ؟ (حيث كان اليهود لا يتعاملون مع السامريين) ولهذا تدعى البئر أيضاً بئر السامرية .
وقد بنت الملكة هيلانة والدة الإمبراطور البيزنطي قسطنطين كنيسة كبيرة فخمة (بعرض 25 متراً وطول 43 متراً) فوق هذا البئر في القرن الرابع للميلاد. وزين الإمبراطور جوستنيان الكنيسة بالزخارف ولم يتعرض العرب للكنيسة بأذى عندما فتحوا البلاد في عهد الراشدين. وبقيت الكنيسة على حالها حتى تهدمت عام 1009م في العهد الفاطمي. ثم عمرها الصليبيون عام 1154م، ثم هدمت عام 1187م بعد خروجهم من البلاد، وفي عام 1555م تولت الكنيسة الأرثوذكسية حراستها بأمر من السلطان العثماني. ثم بنيت كنيسة على آثار الكنيسة القديمة فيما بعد .
جامع الخضراء:
ويقع في حي الياسمينة بالقرب من "عين العسل" ويرجع تاريخ بنائه الحالي، بناء على الكتابة المدونة على مدخله إلى أيام السلطان المنصور سيف الدين قلاوون الصالحي (1279 – 1290 ) سابع ملوك دولة المماليك التركية.
ويوجد في صحن الجامع بركة ماء، وتبلغ مساحة القسم المعد للصلاة فيه نحو 300 متر مربع، وله محراب جميل، وفي ركنه الجنوبي الغربي مكان منفصل يقال إنه المكان الذي حزن فيه يعقوب على ولده يوسف. ويعرف الجامع لذلك باسم "جامع حزن يعقوب" وتبعد مئذنته مقدار ستين متراً من ناحية الشمال، وتشبه في نمطها المعماري مئذنة الرملة.
قبر يوسف:
يقع على بعد نحو 900متر إلى الشمال من بئر النبي يعقوب. ويوجد قبر يعتقد أنه قبر النبي يوسف. ويعتقد أن أبناء يعقوب باعوا أخاهم يوسف في هذا الوادي .
ويعد جرزيم مكان مقدس وأثري لدى السامريين حيث يعتقدون أن إبراهيم عليه السلام قد هم بذبح ابنه قرباناً إلى الله تعالي .
المقبرة البيزنطية:
التي يعود تاريخها إلى القرن الخامس الميلادي وتحوي على أعمدة منحوتة بالصخر الأبيض نحتاً فنياً جميلاً ، حيث يعتقد أنها مقبرة لأسر غنية .
علاوة على المراكز الأثرية السابقة هناك العديد من المزارات والخرب الموجودة في المدينة وفي قضائها ولكنها لم تلق العناية الكاملة، وتحتاج إلى الرعاية والترميم، وقد أسلفنا الحديث عن المساجد والمزارات .